释迦佛于将入灭前，也曾对于佛教未来的兴衰起灭，作了许多悬记与预言，在「法灭尽经、涅盘经、莲花面经、维摩诘经、虚空藏经」等许多藏经中，都可找到佛陀的嘱咐与预言。佛陀有不可思议之大神通力，可观未来世界共业之变化与起灭，所以佛陀再三嘱咐迦叶尊者以及弥勒菩萨、文殊菩萨、普贤菩萨等，不要令佛教正法在人间灭除，一定要使佛教正法在法缘未尽时，流传在人间。所以佛陀于入灭前，又嘱咐十六位大阿罗汉不可入灭，必须于佛圆寂后，混迹人间，随缘度众生。
　　在金刚乘弟子中所尊称的第二佛，即是莲师了。所以在密教弟子心里，莲师的功德胜报，相当于释迦佛。莲师是即身成佛的大成就者，并得证最高级的虹光身。此外，莲师更如观世音菩萨一样，可同时现身在六道中度化众生，所以天界有天界白黄色的莲师，地狱中亦有紫红色的莲师，饿鬼道有紫黑色莲师之化现，而在人间则有白红色莲师的示现。这好比观音大士在饿鬼道中，化现为面燃大士，又为了方便度众与降魔，而示现千手千眼观世音菩萨，且观世音菩萨同时亦化现慈悲的白衣南海观世音菩萨，在人间闻声救苦，广利群生。

    佛陀与莲师都曾预言，末法恶世之时，人心贪婪，物欲充斥，佛教正法会经历各种法难与灾害，为了使佛法永续不断，所以许多经藏、法宝、修法仪轨都被收藏在香巴拉净土与龙宫中。且莲师还曾预言，佛教法脉可在人间流传五千五百年（含密法），故莲师在「地、水、火、风、空」之中，以及许多秘密圣地、群山峻岭和异次元空间中，埋下了十八万部的伏藏，以待后代佛弟子的发扬光大。
　　莲师也曾说道：「国王、大洪水（包括其它的火灾、天灾等）以及魔王魔众等，会毁坏佛教正法，所以必须埋下伏藏，以保存佛法经藏、法宝、密续。」且莲师也特别研究过，于未来第几百年、几千年时，哪一种密法较适合当时的社会以及众生修持，而该伏藏就会被发掘「出世」。但伏藏师也有「假的」，所以一个地区或时空中，只会出现一部伏藏，绝不会两组伏藏同时出现，以防魔王制造「假伏藏」。
　　此外更特别的是，许多莲师弟子会乘愿再来转世，并在「应时、应地、应机缘、应时空」的各种因缘具足下发掘「秘密伏藏」。且大多的伏藏师（即岩传派的行者）与修持并「证得」伏藏法的上师，是分工合作的，所以藏密历史上亦出现许多伟大的伏藏师。莲师也曾提到，伏藏的发掘与修持圆满，可以避免许多转世灵童，因为政治力介入，或门户派系斗争，而出现「闹双胞」的假转世灵童之困扰。而且许多密教传承会因战乱而中断，这时也必须待机缘成熟时，由岩传系统来复兴法脉。
　　所以，有些乘愿再来的小活佛，因敌不过末法人心的邪恶、贪婪及权力欲、政治欲之强大等外在因素，有的一被寻获，即遭有野心的人「谋杀或软禁」。且魔王会另立假的小活佛，以毁灭密教纯正的传承。当然，许多正义之士以及教内长老，也会尽力保护「小活佛」，以免其遭魔难而不幸夭折。故莲师针对末法的恶劣外在环境，设计出「伏藏、伏藏师、莲师弟子及证圣果的行者」等一系列防护系统，来维护莲师法脉的永续不断。
　　其实莲师最厉害的一招，即是将秘密伏藏存放在「地、水、火、风、空」等宇宙基本元素之中。这样一来，就只有在内修精进以及精神层次达到最高阶段的大修行者，才能取得这些珍贵伏藏，例如龙树、无着、世亲、龙钦巴、帝洛巴、密勒日巴以及冈波巴等大成就者，如此，法宝伏藏就不易被有心人士破坏或伪造了。且莲师亦曾住在香巴拉王朝，并留下许多伏藏，此一佛国净土也是佛陀密法「持有、保存及守护」之大本营。这就是为什么后来的人，发现藏密所传承之密续、修持法本及密教经藏等，比印度古密宗还要多些。
　　另一种保存佛教密法传承之处，就是金刚总持所在的异次元光明佛刹了，要进入这极秘密的法界自性净土佛刹，可要经过层层考验，最后再由护法、空行母依程序次第的指引，才得以进入法界自性宫殿。例如白教初祖帝洛巴大师，其重要精髓传承就是来自于金刚总持，而且帝洛巴大师更是大乐金刚之化身，以示现人间，弘传白教诸大殊胜密法。
　　另外尚有极多传承持有者，例如时轮金刚、大乐金刚、秽迹金刚、金刚萨陲及文殊、普贤、弥勒、千手观音等许多佛菩萨，衪们也曾亲自传下很多重要的法门。而在人间，则有许多莲师弟子应化转世，来弘扬正法。
    例如诺那祖师前世是莲师入藏时的弟子，伏藏大师龙萨宁波（一六二五）的前世，则是莲师二十五大弟子之一。而在大圆满法脉证得极高成就的龙钦巴尊者，其前世更是西藏国王赤松德贞的小公主，也是莲师入藏后最亲的弟子。
　　于这末法恶世的时代中，群魔兴起，魔强法弱，众生深陷极大苦难之中（现今台湾是最佳实例），此时更需要许多乘愿再来的莲师弟子来护卫佛教。莲师为了其转世弟子，能在几千年后的今天，乘愿再来，且不被花花世界的物欲、情欲、名利等魔毒所诱惑，因此特别在这些传承弟子的「心」中，深深埋下「心伏藏」。
　　例如恭请莲师入藏的西藏国王赤松德贞，其亦修持大圆满法而成就，但国王最心爱的小公主，则因前世宿业现前，因而小小年纪就病逝了。当时藏王痛失爱女之心情，那真是万般不舍啊！后来莲师抱起小公主的尸体，亲自为其中阴神识三皈依，并在小公主的「顶、喉、胸」三处，印下「嗡、阿、吽」三种子字印记，且更在小公主的「心」中，埋下伏藏。日后这小公主即乘愿再来转世，而成为红教大圆满传承中，最重要的成就者「龙钦巴尊者」，且更是修证成虹光身，大兴我藏密宁玛派。
　　所以龙钦巴尊者，每每提到莲师时，总以「我慈悲之父」来尊称。是啊！在金刚乘的法脉传承中，总以法父法子来称呼，例如密勒日巴尊者与其上师马尔巴尊者，亦以父子相称，况且龙钦巴尊者的前世，就是亲蒙莲师以中阴救度法，直接超度与授记，真是佛恩浩大啊！来！让我们末世莲师弟子，一起双手合十，仰天长呼：「我慈悲之父，莲师啊！」